云南农业职业技术学院前身是始建于1904年的云南蚕桑学堂；1950年3月，昆华农校由云南省人民政府接管，改名为昆明农业技术学院；1958年4月，创建云南省畜牧兽医学校；2002年，经云南省人民政府批准，由原云南省农业学校和云南省畜牧兽医学校合并组建云南农业职业技术学院；2010年，该校被确立为“省级示范性高等职业院校立项建设单位”。

云南农业职业技术学院设有畜牧兽医学院、园林园艺学院、经济管理学院、农学院、公共基础部、体育工作部、思想政治理论教学部7个教学单位，开办47个专科专业，开招35个专科专业。